Urodził się 23 listopada 1933 w Dębicy. Był synem adwokata Tadeusza Pendereckiego i Zofii z domu Berger. Po babce ze strony ojca, Stefanii Szylkiewicz, miał pochodzenie ormiańskie, natomiast ze strony matki - niemieckie. Wywodził się z rodziny o tradycjach artystycznych - muzykami byli m.in. jego ojciec, a także dziadek, Robert Berger (zawodowo bankier); kuzynem był zaś Tadeusz Kantor.

Mając sześć lat, uczęszczał na lekcje gry na fortepianie, które przerwał z powodu niepedagogicznego podejścia nauczycielki. Po zakończeniu II wojny światowej zaczął naukę gry na skrzypcach. Pracował też ze Stanisławem Dallą, u którego boku zaczął pisać swoje pierwsze kompozycje - brak nut z etiudami skrzypcowymi spowodowany wojną zmusił ich do samodzielnego pisania ćwiczeń. Pobierał też lekcje kompozycji u Franciszka Skołyszewskiego. W latach 1955-1958 studiował kompozycję w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie w klasie Artura Malawskiego.

W 1959 za kompozycje: ''Strofy'', ''Emanacje'' oraz ''Psalmy Dawida'' zdobył trzy pierwsze nagrody w konkursie Związku Kompozytorów Polskich. W tym czasie z przyjaciółmi (m.in. Piotrem Skrzyneckim i Bronisławem Chromym) założył Piwnicę pod Baranami (np. stukanie w denko instrumentów smyczkowych). Taka technika kompozytorska otrzymała miano sonoryzmu, w tym stylu skomponowana została m.in. ''Pasja według św. Łukasza''. Niedługo później stworzył pierwsze dzieło operowe ''Diabły z Loudun'', którego prawykonanie odbyło się 20 czerwca 1969 w Operze Hamburskiej w reżyserii Konrada Swinarskiego.

Od 1973 zajmował się dyrygenturą, prowadząc polskie oraz światowe zespoły symfoniczne, wykonujące m.in. utwory Beethovena, Schuberta, Mendelssohna, Szostakowicza oraz samego kompozytora.

Od 1978 był członkiem Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (SKOZK).

W 1996 skomponował symfonię-oratorium ''Siedem bram Jerozolimy'' na zamówienie miasta Jerozolimy z okazji jubileuszu 3000 lat Świętego Miasta; prawykonanie miało miejsce w Jerozolimie 9 stycznia 1997, a pierwsze wykonanie w Polsce odbyło się w Warszawie 14 marca 1997.

Założył międzynarodową akademię muzyczną Europejskie Centrum Muzyki w Lusławicach, gdzie mieszkał od 1976. Otwarcie akademii odbyło się 21 maja 2013.

Utwory sceniczne.
Opery.
* 1968-1969: ''Diabły z Loudun (opera)'' (''The Devils of Loudun'') - Opera w trzech aktach (Libretto kompozytora na podstawie ''The Devils of Loudun'' Aldousa Huxleya w opracowaniu Johna Whitinga)
*1975: ''Najdzielniejszy z rycerzy (radiowa opera dziecięca)'' (Libretto Ewa Szelburg-Zarembina)
* 1976-1978: ''Paradise Lost'' (''Raj utracony'') - ''Sacra Rappresentazione'' w dwóch aktach (na podstawie poematu Johna Miltona - ''Raj utracony'')
* 1984-1986: ''Czarna maska'' - Opera w jednym akcie (Tekst Harryego Kupfera i Krzysztofa Pendereckiego, na podstawie dramatu Gerharta Hauptmanna)
* 1990-1991: ''Ubu Rex'' - Opera buffa w dwóch aktach (Libretto: Jerzy Jarocki, na podstawie dramatu ''Ubu Roi'' Alfreda Jarryego)

Muzyka instrumentalna.
utwory na orkiestrę.
* 1959-1960: ''Anaklasis'' na 42 instrumenty smyczkowe i perkusję
* 1961-1962: ''Fluorescencje'' na orkiestrę
* 1966: ''De natura sonoris No. 1'' na orkiestrę
* 1971: ''Prélude'' na instrumenty dęte blaszane, perkusję i kontrabasy
* 1971: ''De natura sonoris No. 2'' na orkiestrę
* 1972-1973: ''I Symfonia'' na orkiestrę
* 1974: ''Przebudzenie Jakuba'' na orkiestrę
* 1979: ''Adagietto'' z ''Raju utraconego'' na orkiestrę
* 1979-1980: ''II Symfonia'' (''Wigilijna'') na orkiestrę
* 1988-1995: ''III Symfonia'' na orkiestrę
* 1989: ''Adagio - IV Symfonia'' na wielką orkiestrę
* 1991-1992: ''V Symfonia'' na orkiestrę
* 2003: ''Fanfarria Real'' na orkiestrę
* 2005: ''Chaconne - in memoria Giovanni Paolo II'' (fragment Polskiego Requiem) na orkiestrę kameralną
* 2018: ''Polonez dla Niepodległej''

utwory na orkiestrę smyczkową.
* 1959: ''Emanacje'' na dwie orkiestry smyczkowe
* 1960-1961: ''Ofiarom Hiroszimy - tren'' na 52 instrumenty smyczkowe
* 1961: ''Polymorphia'' na 48 instrumentów smyczkowych
* 1962: ''Kanon'' na orkiestrę smyczkową
* 1973: ''Intermezzo'' na 24 instrumenty smyczkowe
* 1992: ''Sinfonietta per archi''
* 1996-1997: ''Serenade'' na orkiestrę smyczkową: ''Passacaglia'' (1996), ''Larghetto'' (1997)

utwory na orkiestrę dętą.
* 1967: ''Pittsburgh Ouverture'' na orkiestrę dętą
* 1994: ''Entrata'' na 4 rogi, 3 trąbki, 3 puzony, tubę i kotły
* 1998: ''Luzerner Fanfare'' na 8 trąbek i perkusję

utwory na zespół jazzowy.
* 1971: ''Actions'' na zespół jazzowy

utwory na instrumenty solowe i orkiestrę.
* 1961: ''Fonogrammi'' na Flet i orkiestrę kameralną
* 1964: ''Capriccio'' per oboe e 11 archi
* 1964: ''Sonata'' per violoncello ed orchestra
* 1966-1967: ''Concerto'' per violoncello ed orchestra (przejrzane 1971/1972)
* 1967: ''Capriccio'' per violino ed orchestra
* 1971: ''Partita'' na koncertujący klawesyn, gitarę elektryczną, basową, harfę, Kontrabas i orkiestrę (przejrzane 1991)
* 1976-1977: ''Concerto'' per violino ed orchestra (przejrzane 1988)
* 1980: ''Capriccio per tuba, Scherzo alla Polacca''
* 1982: ''Concerto'' per violoncello ed orchestra no. 2
* 1983: ''Concerto'' per viola (violoncello/clarinetto) ed orchestra
* 1992: ''Concerto'' per flauto (clarinetto) ed orchestra da camera
* 1992-1995: ''Metamorfozy'' Concerto per violino ed orchestra n. 2
* 1994: ''Sinfonietta No. 2 per clarinetto ed archi''
* 1995: ''Violin Concerto No. 2 Metamorphosen''
* 2000: ''Muzyka na flet prosty, marimbę i smyczki''
* 2000-2001: ''Concerto Grosso'' per tre violoncelli ed orchestra
* 2001-2002: ''Concerto per pianoforte ed orchestra, Resurection''
* 2002-2003: ''Adagio na wiolonczelę i orkiestrę''
* 2004: ''Concerto grosso no. 2'' per 5 clarinetti ed orchestra
* 2008: ''Concerto per corno e orchestra Winterreise''

muzyka kameralna.
* 1953: ''Sonata'' na skrzypce i fortepian
* 1956: ''3 miniature'' per clarinetto e pianoforte
* 1959: ''Miniatura'' per violino e pianoforte
* 1960: ''Quartetto per archi'' No. 1 (''I Kwartet smyczkowy'')
* 1968: ''Capriccio per Siegfried Palm''
* 1968: ''Quartetto per archi No. 2'' (''II Kwartet smyczkowy'')
* 1980: ''Capriccio'' für Tuba solo
* 1984: ''Cadenza'' per viola sola
* 1985-1986: ''Per Slava''
* 1987: ''Prélude'' na klarnet solo in B
* 1988: ''Der unterbrochene Gedanke'' na kwartet smyczkowy
* 1990-1991: ''Trio smyczkowe''
* 1993: ''Quartett'' na klarnet, skrzypce, altówkę i wiolonczelę
* 1994: ''Divertimento'' per violoncello solo
* 1999: ''Sonata'' per violino e pianoforte No. 2
* 2000: ''Sekstet'' na skrzypce, altówkę, wiolonczelę, klarnet, waltornię i fortepian
* 2004: ''Tempo di Valse na wiolonczelę solo''

muzyka filmowa i wykorzystywana w filmach.
* 1964: ''Rękopis znaleziony w Saragossie'' w reżyserii Wojciecha Hasa
* 1973: ''Egzorcysta'' w reżyserii Williama Friedkina
* 1980: ''Lśnienie'' w reżyserii Stanleya Kubricka (''De natura sonoris I i II, Przebudzenie Jakuba, Kanon'', ''Polimorfia, Utrenija II)''
* 1990: ''Dzikość serca'' w reżyserii Davida Lyncha
* 2007: ''Katyń'' w reżyserii Andrzeja Wajdy
* 2010: ''Shutter Island'' w reżyserii Martina Scorsese
* 2015: ''Demon'' w reżyserii Marcina Wrony
* 2017: ''Twin Peaks'' w reżyserii Davida Lyncha (''Ofiarom Hiroszimy - tren)''

Kompozycje na taśmę.
* 1961: ''Psalmus'' na taśmę
* 1963: ''Brygada śmierci'' na głos i taśmę według Leona Weliczkera
* 1972: ''Ekecheiria'' - muzyka na taśmę z okazji igrzysk XX olimpiady

Muzyka wokalna.
muzyka na chór a cappella.
* 1962: ''Stabat Mater'' (obecnie fragment ''Pasji według św. Łukasza'' na trzy chóry mieszane (SATB) a cappella)
* 1965: ''Miserere'' (obecnie fragment ''Pasji według św. Łukasza'') na chór chłopięcy ad lib. i trzy chóry mieszane (ATB) a cappella
* 1965: ''In Pulverem Mortis'' (obecnie fragment ''Pasji według św. Łukasza'') na trzy chóry mieszane (SATB) a cappella
* 1972: ''Ecloga VIII (Vergili Bucolica)'' na 6 głosów (AATBBB) a cappella
* 1981: ''Agnus Dei'' (obecnie część ''Polskiego Requiem'') na chór mieszany (SSAATTBB) a cappella
* 1986: ''Ize cheruvimi'' - na chór mieszany a cappella (SSAATTBB) a cappella do tekstu staro-cerkiewno-słowiańskiego
* 1987: ''Veni creator (Hrabanus Maurus)'' na chór mieszany (SSAATTBB) a cappella
* 1992: ''Benedicamus Domino (Organum i Psalm 117)'' na pięciogłosowy chór męski (TTTBB) a cappella
* 1993: ''Benedictus'' na chór mieszany (SATB) a cappella

śpiew z akompaniamentem zespołu instrumentalnego lub orkiestry.
* 1959: ''Strofy'' na sopran, recytatora i 10 instrumentów do tekstów Menandra, Sofoklesa i in.
* 2017: ''VI Symfonia: Chinesische Lieder'' (pieśni chińskie), na baryton, erhu i orkiestrę kameralną

utwory na chór i orkiestrę.
* 1958: ''Psalmy Dawida'' na chór mieszany (SATB), instrumenty perkusyjne i strunowe - (Psalm XXVIII, Psalm XXX, Psalm XLIII i Psalm CXLIII)
* 1959-1961: ''Wymiary czasu i ciszy'' na czterdziestogłosowy chór mieszany, perkusję i smyczki
* 1964: ''Cantata in honorem Almae Matris Universitatis Iagellonicae sescentos abhinc annos fundatae'' na dwa chóry mieszane i orkiestrę
* 1970-1973: ''Canticum Canticorum Salomonis'' na szesnastogłosowy chór mieszany, orkiestrę kameralną i parę taneczną (ad lib.)
* 1997: ''Slawa swjatamu dlinnju knazju moskowskamu'' (''Hymn do św. Daniela'') na chór mieszany i orkiestrę
* 1997: ''Hymn do św. Adalberta'' na chór mieszany i orkiestrę

głosy solowe, chór i zespół instrumentalny bądź orkiestra.
* 1965-1966: ''Passio Et Mors Domini Nostri Jesu Christi Secundum Lucam'' na sopran, baryton, bas, recytatora, chór chłopięcy, trzy chóry (SATB) i orkiestrę
* 1967: ''Dies Irae'' - ''Oratorium ob memoriam in perniciei castris in Oświęcim necatorum inexstinguibilem reddendam'' na sopran, tenor, bas, chórmieszany (SATB) i orkiestrę: I. Lamentatio, II. Apocalypsis III. Apotheosis (Oratorium) (''zobacz: Polscy laureaci Prix Italia w kategorii programów telewizyjnych'')
* 1970: ''Kosmogonia'' na solistów (sopran, tenor, bas), chór mieszany i orkiestrę
* 1969-1970: ''Utrenja I'' (''Jutrznia - złożenie do grobu'') na solistów (sopran, alt, tenor, bas, basso profondo), dwa chóry mieszane i orkiestrę
* 1970-1971: ''Utrenja II'' (''Zmartwychwstanie'') na solistów (sopran, alt, tenor, bas, basso profondo), dwa chóry mieszane i orkiestrę
* 1973-1974: ''Magnificat'' na as solo, zespół wokalny, dwa chóry mieszane, głosy chłopięce i orkiestrę: I. Magnificat, II. Fuga, III. Et misericordia eius..., IV. fecit potentiam, V. passacaglia, IV. sicut locutus est, VII. gloria
* 1979-1980: ''Te Deum'' na cztery głosy solowe (sopran, mezzosopran, tenor, bas), dwa chóry mieszane i orkiestrę
* 1980-1984: ''Polskie Requiem'' na czterech solistów (SATB), chór mieszany i orkiestrę
* 1995: ''Agnus Dei'' na cztery głosy solowe, chór mieszany i orkiestrę
* 1996: ''Siedem bram Jerozolimy'' (''VII symfonia'') na pięć głosów solowych (SSATB), recytatora, trzy chóry mieszane i orkiestrę. Części utworu:
** I. Magnus Dominus et laudabilis nimis
** II. Si oblitus fuero tui, Jerusalem
** III. De profundis
** IV. Si oblitus fuero tui, Jerusalem
** V. Lauda, Jerusalem, Dominum (Psalm 147)
** VI. Facta es super me manus Domini (Ezechiel 37, 1-10)
** VII. Haec dicit Dominus;
** ([http://www.penderecki.de/fotos/6,59ff9100f0d.html zdjęcie fragmentu partytury])
* 1997-1998: ''Credo'' na pięć głosów solowych (sopran, mezzosopran, alt, tenor, bass) chór dziecięcy, chór mieszany i orkiestrę
* 2004: ''Phedra'' na głos, chór i orkiestrę
* 2004-2005: ''VIII'' ''Symfonia Lieder der Vergänglichkeit'' (pieśni przemijania) na sopran, mezzosopran, baryton, chór i orkiestrę symfoniczną

Wkrótce po ukończeniu studiów podjął działalność pedagogiczną na macierzystej uczelni. Wśród jego studentów znaleźli się m.in. Marek Stachowski, Abel Korzeniowski, Stanisław Radwan, Antoni Wit, Joanna Wnuk-Nazarowa czy Krzysztof Meyer; ten ostatni jednak wspomina, że przez dwa lata studiów u Pendereckiego spotkał się z nim dokładnie siedem razy, a pracę dyplomową Penderecki jedynie przekartkował.

W 1972 Penderecki, nie należąc do PZPR, dzięki swojej renomie oraz interwencji w Ministerstwie Kultury grupy wykładowców uczelni (m.in. Mieczysława Tomaszewskiego, Krzysztofa Meyera oraz partyjnego Krzysztofa Missony) został nominowany na rektora, zamiast wybranego przez władze Tadeusza MachlaP. Ćwikliński, J. Ziarno. ''Pasja. O Krzysztofie Pendereckim''. POW BWG 1993, s. 63.. Krakowska PWSM stała się wówczas jedyną uczelnią o niepartyjnych władzach, samego Pendereckiego nazywano parasolem{{R|CZs63}}. Rektorat Pendereckiego trwał nieprzerwanie przez 15 lat.

Zmarł 29 marca 2020 w Krakowie. Jego urna została złożona 2 kwietnia w bazylice św. Floriana. Tego samego dnia odbyła się msza żałobna.

Pierwszy ślub wziął w wieku 21 lat z pianistką Barbarą Gracą, koleżanką ze szkoły średniej[https://www.polskieradio.pl/39/156/Artykul/2482869,Kompozytor-dyrygent-pedagog-Sylwetka-Krzysztofa-Pendereckiego Kompozytor, dyrygent, pedagog. Sylwetka Krzysztofa Pendereckiego], ''polskieradio.pl'', [dostęp:] 3 kwietnia 2020., która to przyjęła jego nazwiskoAgnieszka Groza, [https://kultura.onet.pl/wiadomosci/krzysztof-penderecki-opowiesc-o-zyciu-i-tworczosci/xdkbqmc Krzysztof Penderecki - opowieść o życiu i twórczości], ''kultura.onet.pl'', 23 listopada 2013.. Para rozwiodła się. Mieli córkę, Beatę, która została absolwentką Akademii Muzycznej i dziennikarką Polskiego Radia w Krakowie.

19 grudnia 1965 zawarł związek małżeński z Elżbietą Solecką, która również przyjęła jego nazwisko. Doczekali się dwójki dzieci, Łukasza (ur. 1966) i Dominiki (ur. 1971). Syn ukończył cztery kierunki studiów: medycynę, psychologię, zarządzanie i polonistykę, a także praktykował jako psychiatra[autor:] Mg, styl.pl, [https://www.fakt.pl/kobieta/plotki/krzysztof-penderecki-poderwal-zone-gdy-miala-16-lat-on-29/r4s8bk1 Penderecki poderwał żonę, gdy miała 16 lat. Ile miał on?], ''www.fakt.pl'', 19 czerwca 2015., a córka została absolwentką filologii włoskiej.

13 listopada 2007 został członkiem Honorowego Komitetu Rozwoju Centrum Onkologii Ziemi Lubelskiej im. św. Jana z Dukli.

Został członkiem honorowego komitetu poparcia Bronisława Komorowskiego przed przyspieszonymi wyborami prezydenckimi 2010 oraz przed wyborami prezydenckimi w Polsce w 2015 roku.

Brak wpisów w Księdze Wpisów.