Marek Perepeczko urodził się w Warszawie. W młodości chciał zostać architektem, ale ostatecznie zdecydował się na aktorstwo. Na początku lat 60. występował w Studiu Poetyckim Andrzeja Konica w TVP i w Teatrze Klasycznym. W 1965 roku ukończył studia na wydziale aktorskim Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Warszawie. W tym samym roku zadebiutował na scenie teatralnej i w filmie. W filmie były to ''Popioły'' w reżyserii Andrzeja Wajdy. Cztery lata później wystąpił w ''Panu Wołodyjowskim'' w reżyserii Jerzego Hoffmana, gdzie zagrał postać Adama Nowowiejskiego. Wielką sympatię widzów zdobył dzięki roli tytułowego bohatera serialu ''Janosik'' (1973) w reżyserii Jerzego Passendorfera, gdzie ze względu na warunki fizyczne obsadzono go w roli zbójnika.
W latach 80. przebywał poza granicami Polski - wyjechał do Australii, gdzie prowadził amatorskie kluby literacko-teatralne i założył Tymczasowe Towarzystwo Miłośników Teatru im. Witkacego. Przez ponad 15 lat nie występował na polskich scenach teatralnych, ani przed kamerami. Powrócił do kraju po zmianach politycznych w Polsce w 1989 roku. W latach 1997-2003 był aktorem i dyrektorem Teatru im. Adama Mickiewicza w Częstochowie. Wcześniej występował w warszawskich teatrach: Klasycznym i Komedia. W latach 1970-1977 był dyrektorem tego teatru. Pod koniec lat 90. powrócił do serialu - zagrał postać komendanta posterunku nadkomisarza Władysława Słoika w sitcomie pt. ''13 posterunek'' w reżyserii Macieja Ślesickiego (1997-1998), a także w drugiej jego części z 2000 roku. Tuż przed śmiercią przygotowywał spektakl pt. ''Dwie morgi utrapienia'' w teatrze w Czeskim Cieszynie.
W swojej karierze aktorskiej udanie śpiewał (np. repertuar Władimira Wysockiego). Jego aktorskimi wzorami byli Tadeusz Łomnicki i Laurence Olivier.
Zmarł nagle i bezpotomnie na zawał serca w swoim mieszkaniu w Częstochowie. Urna z prochami aktora została złożona 28 listopada 2005 roku na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 141, rząd 5, miejsce 9). 31 października 2014 roku w Częstochowie przy al. Najświętszej Maryi Panny została odsłonięta ławeczka Marka Perepeczki, a w czerwcu 2018 r. jego imieniem nazwano ulicę w śródmieściu Częstochowy.
Mierzył 190 cm wzrostu. W młodości uprawiał wioślarstwo, koszykówkę i kulturystykę (uchodził za wspaniale zapowiadającego się zawodnika), czemu zawdzięczał atletyczną sylwetkę prezentowaną m.in. w życiowej roli Janosika. Przez 40 lat był żonaty z aktorką Agnieszką Fitkau-Perepeczko, którą poznał w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej w Warszawie. Był spokrewniony z Andrzejem Perepeczką, marynarzem i pisarzem (byli braćmi stryjecznymi).